Nghị định này áp dụng đối với việc quản lý các loại thuế; phí, lệ phí; tiền thuê đất, thuê mặt nước; tiền sử dụng đất; thu từ khai thác tài nguyên khoáng sản… Nghị định này quy định cụ thể việc kê khai các loại thuế gồm: thuế GTGT; thuế thu nhập doanh nghiệp; thuế tiêu thụ đặc biệt; thuế xuất nhập khẩu, thuế tài nguyên, thuế thu nhập đối với người có thu nhập cao; thuế môn bài; thuế nhà đất; thuế nhà thầu nước ngoài. Nghị định quy định các trường hợp được hoàn trả thuế, gia hạn thời hạn nộp thuế, các trường hợp bắt buộc cơ quan thuế ấn định số tiền thuế phải nộp. Nghị định có hiệu lực áp dụng kể từ ngày 01/07/2007.